Das Vorgehen der Bundesregierung in der Auseinandersetzung mit der EU-Kommission über eine Neuabgrenzung der nitratbelasteten Gebiete ist sowohl in der Opposition als auch in der Ampelkoalition kritisch kommentiert worden. Der stellvertretende Vorsitzende der CDU/CSU-Bundestagsfraktion, Steffen Bilger, warf der Regierung vor, den Konflikt einseitig auf dem Rücken der Landwirtschaft auszutragen. „Anstatt in Brüssel für differenzierte und damit sachgerechte Lösungen zu kämpfen, wird ein Drittel mehr an landwirtschaftlicher Nutzfläche pauschal zu roten Gebieten erklärt“, monierte Bilger. Das Verursacherprinzip werde damit komplett ignoriert. In den Ohren vieler betroffener Landwirte müsse es wie Hohn klingen, so der CDU-Politiker, „wenn die Bundesminister Steffi Lemke und Cem Özdemir behaupten, dass sie damit für klare Perspektiven, für Rechtssicherheit und für Verlässlichkeit sorgen würden“. Skeptisch beurteilt auch der landwirtschaftspolitische Sprecher der FDP-Bundestagsfraktion, Dr. Gero Hocker, die von der Bundesregierung vorgeschlagene messstellenbasierte Identifizierung nitratbelasteter Gebiete. „Fachlich ist die rein auf der Basis von mathematischen Verfahren beruhende Gebietsausweisung fragwürdig“, erklärte Hocker. Für ihn ist augenscheinlich, dass so keine Verbesserungen gemessen werden könnten.
Das Bundesministerien für Landwirtschaft (BMEL) und für Umwelt (BMUV) erteilten Forderungen nach Veröffentlichung ihres in Brüssel eingereichten Vorschlags zur Neuausweisung der roten Gebiete oder von Daten für einzelne Bundesländer eine Absage. Vertragsverletzungsverfahren unterlägen strenger Vertraulichkeit, hieß es zur Begründung. Die CSU-Europaabgeordnete Marlene Mortler warf den Ressorts daraufhin „Geheimniskrämerei“ und Intransparenz zulasten der Landwirte vor. Die beiden Bundesministerien bestätigten, dass sich die Gebietskulisse der roten Gebiete infolge eines Wegfalls der Modellierung und des neuen Verfahrens der Binnendifferenzierung von rund 2 Mio. ha auf rund 2,7 Mio. ha landwirtschaftlicher Nutzfläche vergrößern würde. Dies entspricht einer Zunahme der roten Gebiete um insgesamt 33,8 %. Die Ressorts erwarten nach eigenen Angaben, dass die Kommission nach eingehender Prüfung des deutschen Vorschlags „zeitnah“ eine Rückmeldung geben wird. Nunmehr bleibe abzuwarten, wie die Brüsseler Administration reagieren werde. Hocker zitierte das Umweltressort, wonach es zwar positive Signale der EU-Kommission gebe, die Prüfung aber noch andauere. Auf die Frage, ob alle Bundesländer den geplanten Änderungen der Allgemeinen Verwaltungsvorschrift Gebietsausweisung (AVV GeA) zugestimmt hätten und die Neufassung im Bundesrat auch mittragen würden, habe das Ministerium keine eindeutige Antwort gegeben.